Главное здание музея в Великом Новгороде (здание Присутственных мест) построено в 1783–1786 годах на территории Новгородского кремля. Проект разработал архитектор Василий Семёнович Поливанов.
В Присутственных местах размещались уездное казначейство, уголовный и гражданские суды, казённая палата, Приказ Общественного призрения, губернская чертежная и другие организации. Подвалы были заняты винными «магазинами» — складами.
В настоящее время в здании расположены основные экспозиции музея. Среди них самая обширная в мире коллекция древнерусских икон, произведения древних мастеров — резчиков по дереву, а также собрание археологических находок, рассказывающих об истории Новгородской земли.